Para el cumplimiento de su misión el AN ha organizado su acervo en: Archivo Nacional Histórico, Archivo Nacional de la Administración y Archivo Electrónico.

Resguarda, clasifica y difunde el patrimonio documental chileno, integrado por documentos de la administración colonial, del Estado nacional a lo largo del siglo XIX, de los expedientes judiciales desde el siglo XVII hasta las primeras décadas del siglo XX, y de particulares (donados o adquiridos), además preserva una colección cartográfica de los siglos XVII al XIX.

Archivo Nacional de la Administración
Reúne, resguarda y da acceso a la documentación generada por la administración central del Estado de Chile. Si bien administra documentación creada durante los siglos XX y XXI, algunos fondos notariales pueden contener documentos del S. XVI en razón de que se ha concentrado en un solo repositorio.

Es el encargado de recibir, preservar y dar acceso a los documentos electrónicos transferidos desde instituciones públicas al Archivo Nacional. Para cumplir con este propósito, cuenta con una plataforma tecnológica capaz de recibir documentos electrónicos desde las instituciones de forma remota y asegurar que se mantengan íntegras y accesibles a lo largo del tiempo.